Hồ Genève nhận nước từ một số con sông chảy tới từ các bang cận kề thuộc Thụy Sĩ cũng như từ tỉnh Haute-Savoie của Pháp. Sông Rhône là nguồn cung cấp nước chủ yếu do nó nhận nước từ tất cả các sông suối tren các sườn đồi núi thuộc hai bang Valais và Vaud. Sự ô nhiễm là nghiêm trọng trong thập niên 1980, nhưng tình hình đã được ổn định trở lại với các biện pháp làm giảm tảo và tăng ôxy. Tuy nhiên, ngay cả hiện nay, các chất thải như các dạng phốt phát và phân bón vẫn còn được thải vào hồ.